Evaluation of sample pooling for the detection of SARS-CoV-2 in a resource-limited setting, Dominican Republic

Abstract

Introduction: COVID-19 is a worldwide public health threat. Diagnosis by RT-PCR has been employed as the standard method to confirm viral infection. Sample pooling testing can optimize the resources by reducing the workload and reagents shortage, and be useful in laboratories and countries with limited resources. This study aims to evaluate SARS-CoV-2 detection by sample pooling testing in comparison with individual sample testing.

Materials and methods: We created 210 pools out of 245 samples, varying from 4 to 10 samples per pool, each containing a positive sample. We conducted detection of SARS-CoV-2-specific RdRp/E target sites.

Results: Pooling of three samples for SARS-CoV-2 detection might be an efficient strategy to perform without losing RT-PCR sensitivity.

Conclusions: Considering the positivity rate in Dominican Republic and that larger sample pools have higher probabilities of obtaining false negative results, the optimal sample size to perform a pooling strategy shall be three samples.

Introducción: La COVID-19 es una amenaza de salud pública mundial. La RT-PCR es el método estándarpara confirmar la infección. La estrategia de pruebas de muestras agrupadas puede reducir la carga detrabajo y la escasez de reactivos, y ser útil en países con escasos recursos. Evaluamos la detección delSARS-CoV-2 mediante esta estrategia en comparación con pruebas individuales.

Materiales y métodos: Creamos 210 grupos de 245 muestras, de 4 a 10 muestras por grupo, cada uno conuna muestra positiva. Realizamos extracción de ARN y qRT-PCR para detectar la presencia de la dianaRdRp/E.

Resultados: La combinación de hasta 3 muestras para la detección del SARS-CoV-2 podría ser una estrategia eficaz sin perder la sensibilidad.

Conclusiones: Considerando la tasa de positividad en República Dominicana y que los grupos con más muestras tienen mayor probabilidad de obtener resultados falsos negativos, el tamaño óptimo pararealizar esta estrategia es de 3 muestras.